Rektorát je hospodárko-správnym pracoviskom univerzity, ktoré zabezpečuje administratívnu, hospodársku-správnu a prevádzkovú činnosť Univerzity J. Selyeho. Rektorát zabezpečuje po stránke materiálnej a administratívnej činnosť rektora univerzity, prorektorov, akademického senátu, vedeckej rady, správnej rady a kvestora, pripravuje podklady pre ich rokovania a rozhodovanie a zabezpečuje ich výkon. Rektorát pripravuje a spracúva podklady potrebné na plnenie zákonných povinností univerzity, koordinuje činnosť jej súčastí, zabezpečuje činnosti pre ostatné útvary a úseky univerzity, ďalej kontakt s orgánmi štátnej správy a s ďalšími orgánmi. Rektorát spravuje majetok univerzity.

Rektorát sa člení na útvary priamo riadené rektorom, na útvary priamo riadené kvestorom a na úseky priamo riadené prorektormi.

Útvary Rektorátu riadené rektorom:

Kancelária rektora

- Vedúca kancelárie rektora: PaedDr. Piroska Zakar
- Asistentka rektora: Mgr. Alžbeta Kacz Mészárosová
- Referentka rektora: Mgr. Zuzana Sántha
 

• Personálne oddelenie

- Vedúca: Bc. Evelína Gálová
- Referentka: Mgr. Zuzana Jakubeková

• Projektové oddelenie

- Vedúca: Ing. Silvia Hrozenská, PhD.
- Referentka: Ing. Mgr. Beáta Nagyová
- Referentka: Marcela Mátyusová Černá

• Referát kontroly a legislatívy

- Kontrolór: Mgr. Miklós Csintalan
- Kontrolór: Ing. Attila Kulcsár Szabó
 

• Referát CO BOZP

• Športové centrum

• Chemické a biologické laboratóriá

- Vedúci: doc. RNDr. Róbert Gyepes, PhD.

Útvary Rektorátu riadené kvestorom:

• Kancelária kvestora

- Asistentka: Mgr. Anna Holczheiová

• Finančné oddelenie (učtáreň a správa finančných zdrojov, správa majetku, pokladňa)

- Vedúca: Ing. Oľga Virágová
- Účtovníčka/Rozpočtárka – Učtáreň a správa finančných zdrojov: Monika Szalayová
- Referentka – Učtáreň a správa finančných zdrojov: Mgr. Denisa Záhorec
- Referentka – Učtáreň a správa finančných zdrojov: Ing. Evelyn Nagyová
- Referentka – Správa majetku: Judita Pajdlhauserová
- Pokladníčka – Správa registratúry: Bc. Katalin Fekete

• Mzdové oddelenie

- Vedúca: Mgr. Beáta Gombos
- Referentka: Mgr. Eva Nyitraiová

• Oddelenie obstarávania, nákupu a výstavby

- Vedúca: Mgr. Erzsébet Angyal-Szalai
- Referentka: Mgr. Magdaléna Cselovszká
- Referentka: Mariana Pörneczi

• Oddelenie registratúry

- Referentka: Renáta Csepiová

• Prevádzkové oddelenie

- Vedúci: Bc. Ľudovít Hajtman

Úseky Rektorátu riadené prorektormi:

Úsek pre pre vedu, výskum a vonkajšie vzťahy

- Koordinátorka mobilít: Mgr. Adriana Kinczerová
- Referentka: Mgr. Klaudia Svitek Kartai
- Referentka: Mgr. Réka Csizmadia
- Referentka: Mgr. Nikoletta Boros

Úsek pre vzdelávanie

Manažéri AIS

- Mgr. Szilvia Szász
- Ing. Eva Kováčová Kaczová
- Tamás Gróf

Centrum kariérneho poradenstva

- Vedúci: Mgr. Norbert Ištvánik
- Referent: Mgr. Bc. Zoltán Ulbrik

Úsek pre akreditáciu a zabezpečovanie kvality

- Referentka: Silvia Sereghy

Úsek pre rozvoj

- Asistentka: Mgr. Adrienn Hernády